Durch die methodische Neuausrichtung des Innovationsindikators und die damit verbundene ökonomische Modellierung der Innovationssysteme ist eine Unterscheidung zwischen Input- und Outputindikatoren möglich. Dabei spiegeln Inputindikatoren in erster Linie die Investitionen und Wissensflüsse wider, die in die Innovationssysteme eingehen. Hierunter fallen Faktoren wie die Zahl der Hochschulabsolventen, die Bildungsinvestitionen oder die Ausgaben für Forschung und Entwicklung, aber auch Indikatoren, die die Rahmenbedingungen der Innovationssysteme abbilden. Dazu gehören beispielsweise die Risikofreude oder der Anteil der Postmaterialisten in einer Gesellschaft (siehe Infokasten), aber auch die Marketingaufwendungen oder die Qualität der wissenschaftlichen Forschungseinrichtungen. Die Outputindikatoren setzen sich aus den Ergebnissen der einzelnen Subsysteme, aber auch aus solchen Faktoren zusammen, die eher die gesamte Leistungsfähigkeit des Systems widerspiegeln wie beispielsweise das Bruttoinlandsprodukt pro Kopf, die Anzahl der Patente und Publikationen oder der Beschäftigten in Hochtechnologie und wissensintensiven Dienstleistungen sowie dem Handelsbilanzsaldo oder der Wertschöpfung pro Arbeitsstunde in der Industrie.

Das dem Innovationsindikator zugrunde liegende ökonomische Modell ermöglicht es, die Wirkungen der Faktoren und deren Zusammenspiel zu untersuchen. Ebenso können die Zeitverzögerungen dieser Wirkungen berücksichtigt werden. Die Analysen haben dabei gezeigt, dass es in der Vergangenheit im Durchschnitt bei allen untersuchten Ländern neun bis zwölf Jahre gedauert hat, bevor Investitionen – gemessen durch den Index der Inputindikatoren – zu einer signifikanten Verbesserung des Outputs geführt haben. Nimmt man an, dass dieser Zeitverzug bestehen bleibt, erlaubt diese Erkenntnis, Erwartungen über die zukünftige Entwicklung der Ergebnisindikatoren und der Stellung der Länder im Innovationswettbewerb zu formulieren. Dies lässt auf eine stabile Produktionsbeziehung zwischen Input und Output schließen. In komplexer werdenden Technologiefeldern sind hohe FuE-Investitionen, gut ausgebildete Beschäftigte, ein gut funktionierendes Wissenschaftssystem und politische und gesellschaftliche Stabilität notwendige Voraussetzungen für den wirtschaftlichen Erfolg. Andererseits belegt dies auch, dass bei aller Verschiedenheit der Innovationssysteme das Zusammenspiel der einzelnen Faktoren ein wichtiger Aspekt für das Funktionieren des gesamten Innovationssystems ist. Die expandierenden und aufholenden Länder fallen ein wenig aus diesem Muster heraus, denn sie erzielen noch einen niedrigen Output im Vergleich zu ihrem hohen Input. Hierzu gehören Taiwan, Singapur, Südkorea, aber auch Kanada und vor allem China, das beim Output bisher kaum punkten kann, aber beim Input mittlerweile ein erkleckliches Maß erreicht hat.