Der Innovationssystemansatz bietet einen Analyserahmen zur Identifikation der einzelnen Akteure im Innovationssystem, er liefert allerdings keine Blaupause zur Bestimmung und Gewichtung der einzelnen Indikatoren, die jedoch notwendig sind, um die Leistungsfähigkeit eines Innovationssystems zu messen. Indikatorensysteme, die theoretisch nur auf dem Innovationssystemansatz beruhen, neigen deshalb dazu, eine sehr große Zahl an unterschiedlichen, sich teilweise inhaltlich überlappenden Indikatoren zu berücksichtigen. Sie ufern schnell aus und werden unübersichtlich und schwer verständlich. Außerdem laufen sie Gefahr, Indikatoren zu berücksichtigen, die faktisch gar keinen oder nur einen vernachlässigbaren Einfluss auf die Innovationsfähigkeit haben.

Um diesem Defizit zu begegnen, wird der Innovationssystemansatz um mikroökonomische Ansätze der Innovationsforschung ergänzt. Hierbei werden Innovationsaktivitäten als ein Produktionsprozess verstanden, in dem Quantität und Qualität der für Innovationen bereitgestellten Ressourcen (Inputs) in Innovationsergebnisse münden und letztlich zu ökonomischen Erträgen und Wettbewerbsfähigkeit führen (Outputs). Die Effizienz der Innovationsaktivitäten wird dabei von einer Reihe von innerbetrieblichen Faktoren beeinflusst, zu denen beispielsweise Management- und Organisationsfähigkeiten oder Investitionen in materielle und immaterielle Assets (zum Beispiel Weiterbildung, Marketing) zählen (Strukturindikatoren).

Weitere Teile des Innovationssystems wie beispielsweise das Wissenschafts- oder Bildungssystem können nach ähnlichen Maßstäben von Input, Output und Struktur betrachtet werden, während andere Teilbereiche und Faktoren – gesellschaftliche Einstellungen oder Staatstätigkeit – nicht dieser Logik folgen. Es können jedoch ebenfalls Wirkungszusammenhänge und -richtungen bestimmt werden.

Auf Basis dieser Überlegungen kann man sich den gesellschaftlichen Innovationsprozess auch als einen Innovationsproduktionsprozess vorstellen, in dem die Unternehmen Innovationen und in letzter Konsequenz ökonomischen Wohlstand erzeugen, dabei aber auf Vorleistungen von Akteuren in Wissenschaft und Bildung angewiesen sind, mit denen sie systemisch verbunden sind. Ferner spielen Staat und Gesellschaft entscheidende Rollen, indem sie entweder regulative, interventionistische oder kulturelle Rahmenbedingungen determinieren.

Gerade die Erweiterung um die Produktionsperspektive liefert dabei auch den methodischen Ansatz, um zu einer sinnvollen Auswahl der Teilbereichsindikatoren zu gelangen, die die Grundlage für den Innovationsindikator bilden. Dieser Auswahlprozess soll im Folgenden kurz beschrieben werden.

Wie bereits angedeutet lassen sich entsprechend dem Modell die Indikatoren in Input- und Outputgrößen unterteilen. Mithilfe dieser Unterteilung kann dann unter anderem die Länge der zeitlichen Verzögerungen ermittelt werden, mit denen Investitionen im Innovationssystem zu sichtbarem Output werden.

Grundsätzlich besteht die Berechnung eines Kompositindikators aus drei Schritten. Im ersten werden die Teilbereichsindikatoren ausgewählt. Im zweiten werden alle Indikatoren auf ein einheitliches Intervall normiert, um sie vergleichbar zu machen. Im dritten Schritt werden die normierten Teilbereichsindikatoren zum Kompositindikator aggregiert. Dies geschieht in der Regel durch das Bilden eines Durchschnittswertes über die einzelnen Indikatoren. Im Folgenden wird das Vorgehen im Innovationsindikator bezüglich dieser Schritte kurz präsentiert.